В конфигурации Бухгалтерия для Молдовы первые 2 символа номера документов являются префиксом. Т.е. в номере 0099 "00" это префикс, а 99 максимально возможный номер. Для исправления ситуации выполните следующее:
1. Сделайте архив БД.
2. Откройте групповую обработку справочников и документов (меню Сервис / Групповая обработка справочников и документов).
3. На вкладке "Объекты отбора" выберите "документы" и укажите какие именно.
4. На вкладке "Обработка" выберите действие "Перенумерация документов" и нажмите выполнить.